Thanh tra Chính phủ chỉ rõ, Bộ trưởng Bộ Y tế chịu trách nhiệm với vai trò quản lý nhà nước về lĩnh vực dược; Cục trưởng Cục Quản lý Dược chịu trách nhiệm với vai trò là người tham mưu, giúp việc cho Bộ trưởng Bộ Y tế đã để xảy ra những thiếu sót, vi phạm qua các thời kỳ liên quan.
Thanh tra Chính phủ chuyển kết luận vụ VN Pharma sang Ủy ban Kiểm tra Trung ương để xem xét, xử lý.
Cùng với việc chỉ ra những vi phạm trong việc cấp giấy phép nhập khẩu, lưu hành thuốc cho Công ty Helix và việc đấu thầu cung cấp thuốc cho các bệnh viện của Công ty cổ phần VN Pharma, Thanh tra Chính phủ kiến nghị chuyển hồ sơ sang Ủy ban Kiểm tra Trung ương để xem xét, xử lý cán bộ, đảng viên thuộc diện Bộ Chính trị, Ban Bí thư quản lý.
Ngày 16/9, Thanh tra Chính phủ đã thông báo Kết luận thanh tra việc cấp giấy phép nhập khẩu, giấy đăng ký lưu hành đối với 10 loại thuốc của Công ty Helix, cấp giấy phép hoạt động cho Công ty Helix và việc trúng các gói thầu cung cấp thuốc cho các bệnh viện của Công ty cổ phần VN Pharma.
Tất cả bị cáo đều bị truy tố theo khoản 4 Điều 157 BLHS 1999, có khung hình phạt từ 20 năm, tù chung thân hoặc tử hình.
Cáo trạng xác định hành vi của các bị can buôn bán 9.300 hộp thuốc giả gây ra hậu quả đặc biệt nghiêm trọng nên truy tố khoản 4, trong khi CQĐT chỉ đề nghị truy tố khoản 2 Điều 157 BLHS 1999.
Nguyên Chủ tịch HĐQT kiêm TGĐ Công ty VN Pharma và đồng phạm đã làm giả các tài liệu, hợp đồng mua bán với Công ty Austin Hong Kong và các chứng từ giả… để nhập khẩu 9.300 hộp thuốc chữa bệnh ung thư giả vào Việt Nam bán kiếm lời. Với hành vi trên, họ bị truy tố về tội 'Buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh'.